地牢是一个充满危险与宝藏的特殊区域，其中分布着多种宝箱，包括普通宝箱和特殊的环境宝箱。普通宝箱主要为木箱和黄金宝箱，而环境宝箱则与游戏中的不同生物群系相关联，如腐化宝箱、血腥宝箱、冰霜宝箱、丛林宝箱和神圣宝箱。这些宝箱的开启需要对应的钥匙，其中黄金宝箱可通过黄金钥匙打开，而环境宝箱则需要合成特定的生物群系钥匙。
黄金宝箱的钥匙可通过地牢怪物掉落或在地牢内的罐子中随机获取，地牢史莱姆更是100%掉落黄金钥匙。黄金宝箱内通常包含地牢专属的前期武器，如妖刀村正和钴盾，这些物品在游戏早期具有较高的实用价值，并且能进一步合成更强大的装备。环境宝箱则需在击败肉山后，通过刷怪获取对应生物群系的模具，再结合机械三王的魂和世纪之花掉落的神庙钥匙合成对应的钥匙才能开启。
环境宝箱中的武器各具特色，例如神圣宝箱内的彩虹枪能释放持续伤害的彩虹光束，适合对抗密集的敌人；腐化宝箱的腐化灾兵可分裂出多个吞噬者，清怪效率极高；血腥宝箱的吸血飞刀则具备吸血效果，大幅提升生存能力。丛林宝箱的食人鱼枪能自动追踪目标，而冰霜宝箱的冰霜九头龙杖可召唤冰龙辅助战斗。这些武器在游戏后期仍能发挥重要作用。
探索地牢时未击败骷髅王前深入特定深度会触发地牢守卫，其攻击可秒杀玩家。因此建议在击败骷髅王后再全面探索地牢。环境宝箱的钥匙模具掉率较低，通常需要在对应生物群系反复刷怪，耐心和充足的战斗准备是关键。地牢的布局复杂，宝箱可能隐藏在任何角落，仔细搜索每个房间和通道是必要的。
