重整是一项关键的游戏机制，主要用于调整基地或舰队的战略布局。当玩家选择重整基地时，系统会保留部分资源与工程舰，但会清除大部分战舰和建筑进度。这一机制适用于需要快速转移发展重心或应对敌对势力压制的场景。重整后，玩家需重新规划资源采集与舰队建设，但保留了基础发展能力，避免完全从零开始。
舰船重整是另一项重要功能，主要针对战斗中的受损单位。舰队交战后，受损舰船可通过基地船坞自动修复，或直接退役并重新生产。重整舰船时需注意维修时间与资源消耗的平衡，尤其在战事频繁的阶段，合理选择维修或重建能显著提升作战效率。部分高级舰船的重整需依赖特定蓝图或技术储备，因此需提前规划技术研发方向。
重整机制与游戏中的资源管理紧密关联。基地重整会损失约70%的战舰与资源，但工程舰与少量基础资源得以保留。这一设计迫使玩家在重整前需评估资源储备与战略需求，避免因仓促决策导致发展停滞。矿区连接点、前哨站等设施的重整规则与基地不同，需单独操作且不受资源损失影响，因此玩家可利用这些设施维持部分区域控制力。
从战术层面看，重整机制为玩家提供了应对劣势局面的调整空间。被敌对势力包围时，通过基地重整可迁移至安全区域，同时利用保留的工程舰快速恢复资源采集。但需注意，重整后需重新建立防御体系，避免二次被压制。舰队重整则更侧重于持续作战能力，尤其是对高价值舰船的维护优先级需明确，以保障核心战斗力不溃散。
