通关后玩家会回到真新镇，需要前往大木博士研究所升级图鉴。若已收集60种以上宝可梦，博士会将图鉴升级为全国图鉴，这是开启后续内容的关键前提。升级后前往枯叶市码头乘坐圣安奴号，船票需在通关前通过帮助正辉博士获得。登船后可选择前往1-7号岛屿，其中1号岛是后续剧情的起点。
在1号岛火焰山右侧会遇到火箭队残党，击败他们后进入山洞获取红宝石。此处需使用秘传机04怪力推石解谜，深处藏着关键道具。将红宝石带回1号岛宝可梦中心交给博士，即可解锁全部岛屿的航行权限。每个岛屿都有独特地形和宝可梦分布，建议优先探索双子岛和肚脐岩这类特殊区域。
完成岛屿探索后，可返回关都地区挑战新增的训练师和设施。紫苑镇灵塔顶层会出现可捕捉的超梦，需携带从火箭队基地获得的观测镜才能触发战斗。枯叶市游戏厅的隐藏通道会重新开放，地下基地新增的挑战区域包含高等级训练师对战。这些内容能为玩家提供持续的战斗体验和资源获取途径。
二周目核心玩法集中在宝可梦培养与图鉴收集。通过岛屿巡游可获取化石翼龙、急冻鸟等特殊宝可梦，狩猎区也会新增迷你龙等稀有种类。建议在彩虹大厦顶楼获取伊布，根据队伍需求进化为水精灵或雷精灵补充属性短板。当图鉴收集超过200种时，博士会赠送特殊道具作为奖励。
