副本系统是其核心玩法之一，主要分为常规剧情副本、精英副本、实时组队副本和特殊活动副本四大类。常规剧情副本是推进主线故事的基础，每章包含多个关卡，通关后可解锁扫荡功能并获取装备强化材料、经验值等基础资源。精英副本难度显著提升，首次通关会掉落英雄灵魂和稀有装备碎片，但每日扫荡次数有限制，是获取高品质资源的重要途径。实时组队副本强调玩家协作，需多名玩家配合挑战高难度BOSS，通关后奖励丰厚。特殊活动副本则随游戏运营不定期开放，提供限定奖励和独特挑战内容。无论哪种副本，首次达成三星通关都能获得元宝奖励，这是前期积累元宝的主要方式之一。
副本挑战需兼顾输出、生存与控制能力。建议选择孙悟空、观音菩萨等全能型英雄，他们既能快速成型，后期潜力也较大。过渡期资源有限，装备选择应侧重凤凰羽、玲珑心、冰封之心等高性价比类型。典型搭配是牛魔王或昆仑奴等坦克角色顶在前排吸收伤害，孙悟空等物理输出置于后排，铁扇公主等辅助居中提供治疗或增益。部分低星但功能独特的英雄，如带控制的千里眼，在特定副本如篝火夜话或修罗血战中也有出色表现。面对不同副本机制需灵活调整，例如物理BOSS多时可加强控场，法术型敌人密集则优先打断其技能。
手动操作优于自动战斗，尤其在PVP或高难度副本中。需熟练掌握英雄技能连招，例如魔悟空的影分身接续普攻可打出爆发伤害，木吒的木刺标记后衔接拔刺能秒杀脆皮目标。面对BOSS战，需密切观察其技能预警范围，如主城副本隐藏BOSS碑谷的石碑飞砸和冲锋秒杀技能，及时躲避红色预警区域是关键。实时副本中，与队友的技能同步至关重要，例如铁扇公主的大风或地藏菩萨的嘲讽配合突袭英雄进场，可形成控制链压制。利用地形阻挡或拉扯小怪集中处理（如自爆怪关卡），能有效降低团队损耗。
通关后的扫荡功能是高效收集灵魂和装备的核心手段，精英副本每日扫荡能稳定获取英雄灵魂。日常任务和限时活动提供大量灵魂基础来源，如仙魔悬赏经验值按账号等级分配，建议每日优先提升等级再参与。加入活跃公会可通过捐献和任务获取货币，在公会商店兑换英雄灵魂。体力分配需优先保证高收益副本（如精英本）的扫荡次数。首次通关奖励的元宝和装备不可重复获取，因此推进新章节解锁更高阶副本是长期资源积累的关键策略。
