妙蛙种子作为初始御三家精灵之一，玩家必须在大木博士的研究所中从妙蛙种子、小火龙和杰尼龟三只宝可梦中选择一只作为起始伙伴。这种获取方式是最直接且可靠的途径，因为妙蛙种子仅在游戏开始时通过这一环节才能获得。如果玩家错过了初始选择，在正常版本中无法通过野外捕捉或其他常规方式获取妙蛙种子，这意味着玩家需要重新开始游戏并优先选择它，才能将其纳入队伍。这种做法虽然需要重置进度，但能确保玩家在早期阶段充分利用妙蛙种子的草/毒属性优势，应对岩石系和水系道馆的挑战，从而提升前期游戏体验的连贯性。
如果玩家未能在开局选择妙蛙种子，且坚持玩原版游戏，则无法在野外遇到或捕捉到该宝可梦唯一的合法获取手段是通过与其他玩家进行联机交换，前提是对方拥有妙蛙种子并愿意交换。这种方式需要额外的游戏设备和卡带支持，操作上存在一定门槛。部分改版游戏如386版本调整了精灵分布规则，允许妙蛙种子在特定地点出现，但这不是官方原版内容。玩家若想保留当前进度，应优先考虑交换方案；若追求便捷，可选择重玩或切换到改版。
妙蛙种子可以在野外特定地点被捕捉到。常磐森林是最常见的栖息地之一，尽管出现概率较低，玩家需耐心探索草丛区域。另一个潜在地点是沙湖乐园所在城市的东面草丛，或者22号道路附近的草丛区域，这些位置均有机会遇到野生妙蛙种子。需不同改版的具体分布可能略有差异，建议玩家在进入这些区域前准备好足够的精灵球和恢复道具，并通过反复移动触发战斗。捕捉时应优先选择草丛密集或道路连接处，以提高遭遇几率。
成功捕捉妙蛙种子需掌握合理的战斗策略和精灵球使用技巧。由于妙蛙种子属于草/毒双属性，它对火系、冰系、飞行系和超能力系招式较为弱势，玩家可派出具备这些技能的宝可梦进行削弱，但需控制伤害避免使其濒死。建议使用点到为止或手下留情招式将妙蛙种子的体力降至红色区域，同时施加睡眠或麻痹等异常状态，这能显著提高捕捉成功率。携带高级球或超级球比普通精灵球更有效，因为它们针对稀有宝可梦设计了更高捕获率。除了初始选择和野外捕捉，玩家还可探索其他非主流获取途径。在华蓝市的部分NPC处，通过剧情推进或对话互动，有机会获得妙蛙种子作为赠送奖励，但这在不同版本中触发条件不一，需玩家提前保存游戏并确保队伍有空位。利用游戏内的生蛋系统能培育出携带特殊技能的妙蛙种子后代，如光合作用或能量球等强化招式，不过这需要解锁培育屋功能并完成相关任务。
