进入研究基地后，你会直接来到二层并需要操作一部升降梯。启动控制台后，升降梯会被卡住，解决这个谜题的关键是拆除固定它的四个齿轮。你需要先在二层的右侧箱子上用攀爬斧撬下第一个齿轮，然后从升降梯后方的窗口爬出，绕到三层的电梯井后方，攀上高处平台拆掉第二个。等待升降梯移动时跳到外侧岩壁，向左攀爬至一个小平台处理第三个齿轮。最后一个齿轮位于三层另一侧需要爬竖梯到达的平台。当所有齿轮被拆除，升降梯会坠落至底层，这时返回一层，通道便会打开。
清理基地内的敌人是推进流程的重要环节。这里敌人分布较为密集，建议你优先采用潜行暗杀的策略。例如在走廊的巡逻兵可以利用箱子作为掩护逐个解决，在办公室区域的敌人背对入口时，用弓箭爆头能高效且安静地清除威胁。在整个过程中，请务必留意环境中的探照灯轨迹，抓住其移开的时机迅速通过暴露区域，如果被敌人发现，可以尝试退回阴影处重新进入潜行状态。
在这个区域进行探索时，别忘了收集关键的物品与完成挑战。有两件重要的遗物值得寻找，周朝战盔位于底层水边的一道铁门之后，通常需要使用榴弹才能炸开门锁；祭典头盔则藏在一处箱子后面。一张藏宝图可以帮助你定位本区域的秘宝。挑战方面，太阳杀手要求你击碎悬挂在不同位置的五处图腾，例如办公室的天花板、窗外以及一些通道的角落，细心观察便能发现它们。
完成齿轮拆除并清理主要敌人后，从一层打开的通道可以进入基地的核心区域。这里会有蛇形排布的电线，沿着电线找到电源开关并关闭它，这会切断电源并使一个大水池的水位下降。之后你需要找到一个浮动的箱子，将其推到水面上，并以此为跳板跳到对面的平台。巧妙地利用箱子因水位变化而产生的位移，你就能成功地从当前平台跳到箱子上，并最终抵达出口平台，从而完成研究基地的探索。
