召唤兽内丹是可以进行替换的，高级内丹可以直接替换已有的高级内丹，而低级内丹的替换则存在随机性，新打入的低级内丹会随机覆盖一个已有的低级内丹。具体的操作方式是按下Alt+P键打开宠物界面，然后点击内丹按钮，在界面中选择你想要替换内丹的召唤兽以及你想要使用的内丹，如果召唤兽的内丹尚有空位，可以直接增加新的内丹，如果内丹栏已经满了，点击已有的内丹就可以使用其他内丹进行替换。这个过程和平时给宝宝上内丹的方法是一致的，高级内丹直接替换已有的高级内丹，低级内丹随机替换掉一个已有的低级内丹。
玩家在进行内丹替换时需要特别注意，高级内丹和低级内丹占用不同的格子，它们之间不能互相覆盖或抵消。一个召唤兽最多只能拥有一个高级内丹，而低级内丹的数量则取决于召唤兽的参战等级和技能格数。如果你要替换的是一个已经升级到满层的内丹，那么替换之后，新内丹的层数会变为1层，之前升级所消耗的资源不会保留，你需要重新将其培养至满层。在决定替换前需要谨慎考虑，避免造成不必要的资源浪费。
内丹替换功能为宝宝的培养提供了灵活性，尤其在一些特定的培养策略中会用到。宝宝进阶的前提是打满内丹，有些玩家会选择先用一些相对廉价或暂时性的内丹将格子打满，使召唤兽满足进阶条件，等到成功进阶之后，再根据最终的战斗定位，将这些临时内丹替换成更有用的高级或低级内丹。这要求玩家对内丹的效果有清晰的了解，法术型宠物通常优先选择增加法术攻击或波动效果的内丹，例如催心浪、通灵法等，而物理型宠物则适合提升暴击或连击概率的内丹，如舍身击、生死决等。
对于那些被替换下来的、不再需要的垃圾内丹，游戏中也提供了消耗途径。除了直接出售，玩家还可以在建邺城的宠物仙子处，使用内丹来为召唤兽开启装备栏。开启装备栏通常需要消耗一个高级内丹或者两个低级内丹，这为玩家处理闲置的垃圾内丹提供了一个去处。
