第二银河武器选择优先遵循阵营专精匹配原则，晨曦经合体选粒子炮，天启帝国选激光炮，新欧罗巴联邦选导弹，斯瓦罗斯共和国选磁轨炮，近战爆发选粒子炮与激光炮，远程消耗选磁轨炮，稳定输出与生存兼顾选导弹。粒子炮拥有全武器最高近战爆发与暴击率，适配晨曦高机动舰船特性，依靠快速贴近目标打出压制伤害，缺点是射程极短、功率占用高，需要搭配推进装置与护盾强化组件保障近身与生存，在PVE清剿与近距离团战中效率突出，多联装粒子炮能进一步提升火力密度，适合追求瞬间秒杀的作战风格。激光炮具备稳定热能伤害与中远距离输出能力，天启舰船驾照可提供显著能耗减免与伤害加成，狙击型激光炮适合定点打击，格斗型激光炮兼顾爆发与续航，能耗较高但伤害平滑，对抗护盾类目标优势明显，团队作战中可承担持续输出与火力压制职责，搭配散热组件与能量回复装置能大幅提升作战持续性。
导弹武器以跟踪攻击、稳定输出与高生存适配为核心优势，新欧罗巴舰船专精带来导弹速度与伤害提升，部分导弹可切换反舰与反导模式，既能稳定输出又可拦截敌方火力，飞行轨迹无需精准瞄准，对操作门槛要求更低，PVE场景中四连装导弹清怪效率优异，PVP中双联装更平衡能耗与火力，适合游击、支援与持久战玩法，可搭配护盾扩展与抗性组件，在承受伤害的同时保持持续火力，是兼顾输出与生存的稳妥选择。磁轨炮拥有全武器最远射程，斯瓦罗斯大功率舰船可支撑多门装配，主打远程风筝与消耗战术，能在敌方攻击范围外稳定输出，克制近战与中距离舰船，缺点是单发伤害偏低，易被抗性装备针对，需要配合射程强化与火控组件提升有效伤害，适合单人越级挑战、舰队远程支援与守点作战，对距离把控与战场预判有一定要求。
武器选择还需结合装配规则与实战场景，避免跨类型混搭导致专精加成浪费与运算力不足，同阵营同武器体系的养成路径更高效，技能加点优先提升对应武器伤害、射程、能耗降低与舰船适配属性。PVE玩法优先选择清场效率高的粒子炮与导弹，搭配范围伤害组件快速完成任务；PVP对抗需根据敌方配置调整，近战突袭用粒子炮，定点斩杀用激光炮，远程牵制用磁轨炮，稳健缠斗用导弹。多联装武器火力更强但能耗与占用更高，小型舰船优先单联装保障续航，大型舰船可搭载多联装追求火力峰值，同时预留运算力安装电子战、推进与防御装置，形成完整作战体系。
