触发桃源深处有人家愿主线剧情需要满足三个关键条件：玩家等级达到21级、舒适度达到2700点，并完成前序剧情南有乔木50%的进度。这些条件是开启念门的必要条件，进入念门后才能正式开启愿的主线剧情。完成条件后，点击大树选择进洞-开启念门即可触发剧情。
进入愿剧情后，玩家需要根据任务提示在小岛上搜寻木板残片（地图上显示为带手的图标），这些残片是修复关键道具的重要材料。同时需要与四位带有问号图标的村民对话推进剧情。初期任务包括前往山脚货郎处用鸡蛋和小麦兑换浆糊，返回旧屋修复木鸢，以及在寺庙给小玉做饭获取鹊羽。这些步骤是后续剧情发展的基础。
剧情中期会涉及多个资源收集和制作环节，包括在家园树林生产木材制作扇子，在寺庙湖边钓鱼，以及制作糯米糕等特定物品。这些物品需要提前准备充足材料，如红糖、木材、鸡蛋、面粉等。其中较关键的环节是在山脚树下采集百合交给小玉，并完成两次指定步数内的拼图挑战，这些任务直接影响愿之阻碍章节的完成度。
剧情后期会涉及回溯石的使用，这是解锁不同结局的关键道具。玩家需要在分支选项处做出不同选择：左边第一个选项对应结局一，中间选项对应结局二，右边第一个选项则通向包含结尾剧情的结局三。每个结局需要消耗特定数量的回溯石，且对物资要求各不相同，例如结局一需要准备木材、肉沫烧饼、鸡蛋面等，而结局二则需要酸菜、豆腐、白菜等食材。完成主线后，番外篇会自动解锁，但部分支线任务需在番外中完成。支线主要集中在山脚梯田和寺庙区域，包括给张大爷送面粉、为郭大强提供矿料等任务。这些支线虽然不影响主线推进，但能为玩家提供额外奖励。部分NPC如游走型的何大婶需要玩家主动寻找，其位置可能不固定。
