燕云十六声中有丰富多样的武功体系，涵盖剑、枪、刀、双刃、伞、扇、绳镖等多种武器类型，共分鸣金、裂石、破竹、牵丝四大流派，包含无名剑法、无名枪法、积矩九剑、嗟夫刀法等十余种特色武学，每种武学均有独立的技能机制与战斗风格，可搭配心法、奇术形成差异化玩法。
游戏初始便会解锁鸣金·虹流派的无名剑法与无名枪法，无名剑法以高机动为核心，武学技能可冲刺突进或后翻撤离，蓄力能释放远程剑气，适合远近兼顾的灵活打法；无名枪法则侧重近战控制，技能可短暂定身敌人并回复耐力，高伤突刺技能能快速压制单体目标。鸣金·影流派的积矩九剑与九曲惊魂枪偏向持续输出，积矩九剑技能可叠加流血debuff，5层后用特殊技引爆可造成爆发伤害，蓄力冲刺落地还附带无敌帧；九曲惊魂枪拥有远距离突刺能力，技能间可联动增伤，适合副本速清与BOSS战输出。
裂石·威流派主打坦克生存，嗟夫刀法可生成基于生命值百分比的护盾，还能将敌人聚拢后释放范围重击，搭配霸体反击效果，团战承伤能力极强；八方风雷枪具备嘲讽拉怪技能，可强制敌人攻击自身，还能击倒目标创造输出环境，是高难度团本开荒的核心前排武学。破竹·尘流派为刺客定位，泥犁三垢以完美闪避为核心，触发后可进入时停状态，武学技能可存储三段无消耗释放，轻攻击积累业火后变身，附带吸血与强韧效果；栗子游尘搭配绳镖，可远程拉身位接近敌人，衔接爆发连招，PVP游击战与单体速杀表现突出。
牵丝流派分输出与治疗分支，牵丝·玉的九重春色与青山执笔以伞、扇为武器，九重春色可释放远程花雨攻击，范围清怪效率高；青山执笔兼具输出与辅助能力，技能可减速敌人并为队友增益。牵丝·零的明川药典是核心治疗武学，能远距离群体治疗，也可定向回复自身与残血队友，是团队副本必备的辅助选择。此外还有伞武学醉梦游春，可掷出回旋飞伞持续打击，接伞成功能强化下一次攻击，还能与幻影伞移形换影，战斗机动性与趣味性兼具。
武学玩法需搭配养成体系深化，每种武学可升级突破，解锁天赋强化伤害、控制或生存效果，同时要适配对应流派属性，如鸣金武学堆鸣金攻击、破竹武学堆敏属性，才能最大化威力。战斗中可装备双武学，通过Tab键释放易武技无缝切换，形成连招循环，再搭配卸势、闪避等防御操作，成功卸势可削减敌人真气，完美闪避触发时间缓滞，大幅提升战斗容错与操作上限。
