植入体是第二银河中提升指挥官个人能力的重要系统，通过安装在角色大脑的8个接口中提供属性或技能加成。植入体分为顶叶区、颞叶区、额叶区和枕叶区四个区域，每个区域包含2个接口，分别对应不同功能。顶叶区主要强化武器性能，如伤害、射程和冷却时间；颞叶区侧重护盾抗性和容量；额叶区影响能量上限和节能技术；枕叶区则提升航行速度和机动性。玩家可配置3套植入体方案，根据不同舰船或任务需求灵活切换。
原厂植入体通过玩法奖励或商店直接获取，由克劳利、科尔森等游戏内科技厂商生产，属性条目随机且多为T1品质，通常作为开发材料使用。非原厂植入体无法直接掉落，获取难度较高，可能涉及特殊机制或活动。植入体开发功能位于空间站停机坪上方，需消耗3个低级植入体和1个更高一级植入体进行合成，逐步提升品质。开发方向需结合指挥官定位，例如火力输出优先选择武器伤害加成，重装防御则侧重护盾和抗性强化。
火力型指挥官应在所有区域配置对应武器加成，如导弹、粒子炮或激光炮的伤害、暴击等属性。重装型建议在顶叶和额叶选择核心系统抗性强化，颞叶搭配护盾容量，枕叶补充护盾量。后勤投盾型需强化护盾投射量和冷却缩减，投电型则侧重能量投射与上限。指挥、干扰类角色可优先提升航速、反跳射程等战术属性。部分玩家采用全防御配置以适配多舰种，或混合攻击与冷却缩减的平衡方案。
低级植入体可通过星系任务、商店购买或副本奖励获取，合成时推荐以1个R2和3个R1植入体为基础，逐步升级至更高等级。开发过程中可跳过动画直接显示结果以节省时间。植入体作为永久性装备，拆卸或更换不会导致损毁，但需确保接口匹配。玩家应定期优化方案，例如为导弹舰配置顶叶区武器伤害，切换至粒子炮舰时则调整为对应加成，以最大化战斗效率。
